Elle fut fondée en 1689 par les habitants de Remedios qui, par peur des attaques de pirates, avaient fui la côte. Elle est nommée en l'honneur de Claire d'Assise.
Pendant la révolution cubaine, le 28 décembre 1958, accompagné de seulement 300 hommes, Che Guevara parvint à prendre la ville et à vaincre les quelque 3 000 soldats de Batista qui la défendaient. Le lendemain, Che Guevara infligeait une nouvelle défaite au dictateur en faisant dérailler un train militaire transportant 408 soldats et tout un arsenal d'armes, qui devaient bloquer la progression des rebelles. Les évènements s'achevèrent par l'encerclement des hommes de Batista qui prit la fuite.
C'est aussi là que le Che a été inhumé dans un mausolée avec d'autres de ses compagnons de guérilla en 1997.